Samos s'élève dans l'est de la mer Égée à seulement 1,6 kilomètre de la côte turque. Sa silhouette de 476 kilomètres carrés est définie par le mont Ampelos et un littoral sud déchiqueté qui se replie en des dizaines de criques inaccessibles. Pendant des siècles, ces baies ont servi de refuges aux contrebandiers et aux pirates ; aujourd'hui, elles attirent les skippers de charter à la recherche de mouillages hors de portée du trafic routier. La géologie de l'île — karst calcaire ponctué d'affleurements de marbre — crée des tombants sous-marins où la visibilité dépasse trente mètres, et la collision des courants froids des Dardanelles avec les eaux chaudes du Dodécanèse entretient des forêts de varech et des prairies sous-marines qui abritent des tortues caouannes et des phoques moines de Méditerranée. Les charters privés opérant depuis Pythagoreio, Vathy et Votsalakia suivent généralement deux itinéraires : vers l'est en direction de Samiopoula, un îlot de 0,3 kilomètre carré avec une seule plage de sable blanc et aucune structure permanente, ou vers l'ouest le long des falaises sous Drakei et Agios Isidoros, où des grottes suffisamment grandes pour ancrer un caïque dentellent la paroi rocheuse tous les quelques centaines de mètres. Le trajet vers Samiopoula couvre douze milles marins et passe devant les fondations submergées de l'ancienne jetée qui protégeait autrefois le port naval de Polycrate. Les itinéraires de la côte ouest longent le tronçon de trente kilomètres jusqu'à la baie de Limnionas, se faufilant entre des stacks marins et des îlots rocheux qui n'émergent qu'à marée basse. Les opérateurs d'excursions en bateau de l'île disposent d'une flotte mixte : kaïkia en bois traditionnels avec moteurs diesel in-board, day cruisers en fibre de verre avec doubles moteurs hors-bord, et quelques voiliers gréés pour les vents légers. Les départs matinaux entre huit et dix heures tirent parti de l'eau calme et de la lumière oblique qui rend les fonds marins visibles jusqu'à six mètres. La plupart des charters incluent du matériel de plongée en apnée, des grillades à bord pour le déjeuner et un skipper agréé par la garde côtière hellénique. Les mouillages de Samiopoula permettent la baignade toute l'année, bien que la température de l'eau descende à seize degrés Celsius entre janvier et mars. La position de l'île à l'abri du plateau anatolien la protège des vents meltem qui balayent les Cyclades centrales chaque été, laissant les eaux de Samos navigables les jours où Mykonos et Paros ferment leurs ports.